Mucho se habla del misterio que guarda la ciudad oculta de los incas, según los datos históricos las construcciones del Completo Arqueológico de Choquequirao se desarrollaron luego del gobierno de Inca Pachacútec, en el periodo de la dinámica expansión del Tahuantinsuyo de Tupac Inca Yupanqui o Huaya Cápac durante los siglos XV y XVI.
Por el estilo arquitectónico y las técnicas en ingeniería con ideales de respeto a la madre tierra junto a los espacios para rituales ceremoniales en honor a los dioses, en definitiva, son aspectos demostrativos que ponen en evidencia al Imperio Inca, como la época de construcción de la ciudadela de Choquequirao.
Saber el motivo por el cual se construyó Choquequirao es una de las preguntas más importantes que todo viajero necesita comprender. Como la muestra de obras tan sorprendentes, que resaltan por la gran cantidad de terrazas agrícolas, por tener una excelente distribución de canales de agua que llegan a abastecer todo el lugar y la edificación de viviendas de hasta dos pisos.
En relación con el estudio de historiadores e investigadores, mencionan que el complejo arquitectónico fue proyectado en una zona completamente estratégica porque cumplía la función de un gran centro de monitoreo para controlar la política y economía social inca. Además, de ser un punto que serviría como entrada que facilite el acceso a la Amazonía peruana.
Es conocido como el último refugio de los incas porque durante la llegada de los españoles, la ciudad de Cusco se encontraba en plena crisis. Manco Inca, cansado de ver todo el daño que sufrían los pobladores, ordenó que estos abandonaran los recintos donde habitaban para quedar resguardados en Choquequirao y parte de Vilcabamba, mientras dura el conflicto hasta la captura de Tupac Amaru I (1572).
En conclusión, explorar el complejo arqueológico de Choquequirao te permitirá entender la magnífica muestra cultural de los incas, pues desde estas construcciones ellos podían controlar políticamente y económicamente a su pueblo.